
Первым делом ВЧК стала ликвидация забастовки госслужащих в Петрограде. Уже текст постановления об образовании ВЧК четко определил первейшую цель созданной комиссии — ликвидацию саботажа во всех его проявлениях. Термин саботаж и саботажники, забастовщики неоднократно повторялся в тексте этого документа. ВЧК быстро выяснила ключевую организацию, стоявшую за забастовщиками — «Союз трудовой интеллигенции» и «Союз Союзов». С ордером на бланке ВЧК за подписью Ф. Э. Дзержинского сотрудник комиссии, анархо-индивидуалист Ф. П. Другов, в этот период также исполнявший обязанности коменданта ВЧК, провел обыск в квартире № 17 в доме № 46 по Литейному проспекту, где находился центр забастовщиков.
В результате обыска были изъяты платежные ведомости забастовщиков с указанием фамилий лиц, получавших от стачечного комитета денежную помощь во время забастовки. Были выявлены источники этих средств — лица и организации, их предоставлявшие. Тем самым ВЧК удалось лишить финансовых средств забастовщиков, вынуждая их выйти на работу. Также было выявлено участие отдельных лиц в руководстве забастовкой и произведены соответствующие аресты. Изолированными были руководители «Союза Союзов» А. М. Кондратьев, И. А. Ильяшевич и Н. И. Харьковцев. В дальнейшем задержанные освобождались под подписку о неучастии в актах саботажа в будущем. 1 марта 1918 г. ВЧК полностью завершила дело об организации саботажа и передала его в революционный трибунал. На следующий день ревтрибунал освободил единственного остававшегося под арестом фигуранта дела — председателя «Союза союзов» А. М. Кондратьева.