3 июня 1907 года правящая группа, в нарушение ею же установленного закона, разогнала Думу. Помеченный тем же числом новый избирательный закон ввел еще более вопиющее соотношение: один голос помещика четырем голосам буржуа, шестидесяти пяти голосам мелкой буржуазии, двумстам шестидесяти голосам крестьянпятистам, пятидесяти голосам рабочих. В ходе последовавших на этой основе выборов две трети избирательных бюллетеней получили помещики и крупные буржуа, насчитывавшие (в европейской части страны) меньше одного процента населения; в результате подавляющее большинство мест в Думе оказалось захваченным группами крайней реакции, в том числе обширной фракцией монархистов-черносотенцев.
Событиям 3 июня 1907 года предшествовала провокация, организованная Столыпиным. Примерно месяцем раньше (7 мая) он объявил в Государственной думе и Государственном совете, будто располагает данными о заговоре с целью убийства царя, великого князя Николая Николаевича и его, Столыпина, и что террористы задержаны полицией. Через три недели (1 июня), рассчитывая отвлечь внимание от начавшихся дебатов по аграрному вопросу, Столыпин на закрытом заседании Думы повторил свое измышление, обвинил социал-демократическую фракцию в причастности к заговору, потребовал лишить шестьдесят пять ее членов мандатов, а шестнадцать депутатов арестовать. Кадетское большинство Думы, боясь возражать, приняло трусливое решение: образовать комиссию для рассмотрения этих требований.
Столыпин не стал ждать разбирательства в комиссии. В ночь на 3 июня были арестованы социал-демократические депутаты (впоследствии отправленные на каторгу и в ссылку). 3 июня Дума была распущена, объявлено о новом избирательном законе. Фактически совершился государственный переворот, ознаменовавший окончательное удушение первой русской революции, наступление мрачной полосы столыпинской реакции.